吴清源，1914年6月12日（农历五月十九日）出生于福建省福州市的名门望族，后举家迁入北京。11岁时就成为北洋军阀段祺瑞门下的棋客，14岁东渡日本，开始职业棋手生涯。因为在十番棋擂台击败了当时所有一流高手，被称为“昭和棋圣”。提出了新布局思想以及以大雪崩内拐为代表的吴清源定式，晚年，提出“21世纪的围棋--六合之棋”。
吴清源本名吴泉，1914年出生于福建省闽侯县（今福州市）一个盐商家庭，其父吴毅系庶出，留学日本习法政，喜爱围棋，在日本期间常出入围棋社团方圆社。其母张舒文，清末翰林张元奇之长女，清帝逊位后元奇为徐世昌家臣，曾任奉天省长。
吴清源父亲在日本留学期间开始痴迷围棋，大致有业余三段的棋力，归国时更带回了大量难得的日本棋书。吴清源对围棋有过人的天赋，对棋谱有过目不忘的能力，又由于小时患病，不能进行激烈运动，在父亲的鼓励下，棋艺提高非常快。吴清源除了学习父亲带回来的日本书籍，又吸收了我国古棋的独有精华，在击败福建籍大同乡林贻书老夫子后，“围棋神童”之名不胫而走。又出入海丰轩与当时一流棋手汪云峰、顾水如、刘棣怀等以受子对弈，棋力一日千里。11岁时经段祺瑞棋客顾水如的引荐入段府，后来段祺瑞每月资助吴泉大洋100元。吴泉出名之后，常和达官名流们周旋。当时中国社交界中。忌讳连名带姓称呼别人，认为那样不尊敬。清源虽是小孩，别人也以大人对待他。顾水如的一位朋友便给清源弟起了个号，从“泉”字引出“清源”二字。从此，“吴清源”三字就代替了“吴泉”。
吴清源引起日本棋院重要人物濑越宪作的注意，也颇有传奇。有林家大户，早年曾在福州与吴家共为盐商，后迁至台湾。时值林家掌门的弟弟林熊祥抵京，知道了吴清源的事，便带吴到北京的“日本人俱乐部”一试锋芒，日本方面也有心试试“围棋神童”的本事，早早备好了棋具静待吴清源的到来。吴执黑先行，对手是职业初段左右的棋力。布局时吴上了两手骗招的当，几乎崩盘，陷入苦战。但中盘后吴奋力吃掉对方近四十目左右的大棋，最终逆转六目获胜。是局引起在北京经营美术商品的日本人山崎有民先生的注意。山崎有民与濑越宪作熟识，将“北京有个围棋天才少年”的消息告知，引起濑越的注意。此外，山崎对吴家的帮助无微不至，还积极联络、不遗余力推进吴清源东渡日本一事，被吴清源称为“是我们永世难忘的恩人之一”。
1926年夏天，日本棋手岩本薰六段和小杉丁四段来中国游历，与吴清源对局，“结果与岩本薰六段让三子下了两局全胜，二子一局输二目；与小衫丁四段让二子一局胜”，对战成绩传回日本，少年吴清源的棋力被大大证实，催促吴清源“赴日的事便骤然间具体化了”。
1927年，吴清源14岁。日本围棋名手井上孝平五段来北京，试探清源的棋力。在让二子局中，执黑三胜井上孝平；让先局中，一胜一平一打挂。棋谱传回日本，濑越宪作热心奔走，为吴清源争得由日本棋院副总裁大仓喜七郎作保，二年内每月200元生活费的考察机会，国内方面由日本驻京公使芳泽先生（犬养木堂之女婿）委托杨子安先生照应联络，万事俱备，遂向吴发出邀请函。
东渡日本
1928年，受濑越宪作派遣，桥本宇太郎四段来到中国，安排与吴清源的考试棋与赴日留学事宜。期间桥本与吴让先两局考试棋皆败。同年10月23日，吴清源赴日留学，当时的日本名人秀哉亲自率领众棋士到火车站迎接。清源到了日本，当时日本棋院的总裁大仓喜七郎答应每月资助清源二百日元，两年为期。两年以后，清源能否在日本站住脚，也就是说，能不能得到日本棋院承认他具有作一个棋士的资格，就要看自己的棋力能否长足进步。
日本棋院组织一个审查会来给清源评定段位等级。审查会共七人：本因坊秀哉（九段）、岩佐銈（七段）、濑越宪作（七段）、铃木为次郎（七段）、加藤信（六段）、岩本薰（六段）、小野田千代太郎（六段）。审查会选出蓧原正美（四段）、村岛义胜（四段）、前田陈尔（四段）、桥本宇太郎（四段）、小野田千代太郎（六段）、木谷实（四段）和本因坊秀哉七人分别与清源对局。清源先胜蓧原正美、本因坊秀哉和村岛三人。审查会根据这个成绩，便评定清源为三段。评为三段之后，清源继续同其余四人对局。结果只输木谷实一局，其余全胜。吴清源认为，木谷实是他第一次遇到的劲敌。
1929年，吴清源在《时事新报》主办的擂台赛中首次与木谷实相遇，开创了“模仿棋”的先例。
1930年，吴清源晋升四段，并在这一年成为日本棋院的正式棋士，开始参加日本棋院的一年中春秋两度的大手合。
1931年，吴清源参加东京时事新闻社发起的棋赛。比赛采取单淘汰制。清源连战皆捷，十八名棋手都败在他手下。时事新闻社连续刊登他的对局约半年多。他连胜的声威引起日本棋界的注目。
1932年春季比赛中，他又获全胜，取得第一名；同年秋季比赛中，他仅负于小岛一局，仅次于木谷实，得第二名。
1934年，吴清源晋升六段，作为"日满华围棋友好访问团"去伪满洲国和当年即位"满洲国"皇帝的傅仪下棋。
1935年3月，濑越宪作、铃木为次郎对吴清源、木谷实的"报知相谈棋"对局开始。最终吴与木谷执黑1目胜。
1936年4月，在日本已侵占大片中国领土时，不顾在日华侨的一致反对，加入日本国籍。
1939年升七段。至此于日本第一流棋手进行“十番棋”、“六番棋”和“三番棋”等对局。其中以“十番棋”战绩最为突出。计1939年对木谷十番棋；1941年对雁金准一十番棋；1946、1950年对桥本宇太郎二次十番棋；1943、1951、1952年对藤泽库之助三次十番棋；1953年对坂田荣男十番棋；1955年对高川格十番棋。在以上十番棋中，将除雁金准一以外的对手全部降至先相先或定先。被公认为棋界的第一人。
1941年，与日本棋士们结成"棋道报国会"参加劳军。
1941年6月，吴清源与雁金准一的十番棋开始。至1942年，吴清源四胜一负领先，因顾及名誉问题，雁金退出比赛。
1942年，应汪伪南京政府顾问青木一男邀请，到上海慰问侵华日军。当时有爱国人士在饭店贴上"杀死夷化汉奸吴清源"的标语。
1942年2月，吴清源与东京高等师范学校女生中原和子结婚，婚后移居在中原和子家里。
1942年3月，吴清源晋升八段。
1949年2月，吴清源取得"中华民国"的国籍。
1950年2月，由日本棋院授予九段。
1952年，去台湾见蒋介石。
1957年后又获得日本第一、三期最强决定战第一名。1961年发生车祸，从此退出各项重大比赛。
1965年，去台湾见蒋介石。
1979年，吴清源再次加入日本籍。
1984年，吴清源在日本大仓酒店举办引退仪式，正式宣告隐退。
1985年，吴清源实现了战后第一次访问中国大陆。
1986年，吴清源获香港中文大学荣誉博士。
在布局、定式、序盘等方面见解甚多，被称为“近代布局的奠基人”，“昭和棋圣”。著有《新布石法》，《吴清源自选白局》，传记文学《以文会友》等，对局棋谱收入《吴清源打棋全集》。门下弟子有林海峰。
吴清源14岁只身赴日，与他棋盘上的辉煌相比，他的生活却是颠沛流离、坎坷曲折。由于日本发动侵华战争，吴清源却在日本所向披靡，在一定程度上增强了国人的自信心。
吴清源追求宗教般的纯净，而由于吴清源加入红卐会，一方面教会拿走了吴清源的对局费，另一方面吴因为教会原因被日本棋界所不理解。他的房子在轰炸之中被夷为平地，在很长的一段时间里居无定所，辗转漂泊，竟然被视作没有国籍没有身份的人，然而对于通过棋道一心探求生活真谛的吴清源而言，这些不幸都宛如浮尘。正如金庸所言：“因为吴先生的棋艺不存在一些高超的精妙之着，而在于棋局背后所蕴藏的精神与境界……吴先生毕生所寻求的，其实是一个崇高的心灵。只因为他的世俗事业是弈棋，于是这崇高的心灵便反映在棋艺上。”
天元之局
1933年，吴清源十九岁，升为五段。这年春季比赛中得第二名，秋季比赛中与木谷实并列第一。同年，读卖新闻社发起优秀选手选拔赛，清源在选拔赛中连胜劲敌木谷实和桥本宇太郎，取得与名人秀哉决最后胜负的权利。在这局棋中，清源当然执黑先行。他起手使用了“三三、星、天元”的布局。第一子下在右上角“三、三”的位置。这在秀哉的棋派来说，叫做“鬼门”，是禁忌的走法。第二步黑子下在左下角星位。第三步下在天元。这一创新的走法轰动了日本棋界。但是，本因坊秀哉本人知道清源的实力，没有轻敌。清源几次下子使秀哉难以应付，他只得多次宣告暂停，回家与他的弟子们共同研究如何应付。因此，这局棋延长到次年1月29日才结束，下了三个月。在这期间，清源同时要参加秋季比赛和新闻社主办的比赛等十一局棋。结果秀哉以两目取胜。据说，他之所以取胜，是因为他的弟子前田陈尔帮他出了一好招，即第160那一子。许多人认为，秀哉屡次提出暂停，回去和弟子们研究，把一局棋延长三个月，未免不公正。从此，日本棋院规定以后每局比赛必须当天结束，不得拖延。赛后，民意调查中显示，吴清源在日本的知名度仅次于天皇。
1933年，木谷实、吴清源开创新布局革命。秋季大手合（升段赛）中两人正式开始使用新布局，在比赛中成绩分居前两位。11月吴与木谷合著、安永一主笔的《新布局法》出版。
镰仓十番棋
1938年本因坊秀哉宣告引退，在引退前和木谷实下了一盘叫作引退战的棋。结果木谷实胜了。按理，木谷实应当是本因坊秀哉告退以后棋界第一人了。但是，人们认为还有吴清源在。究竟谁是第一人，还得清源和木谷实决一雌雄。于是，读卖新闻社发起木谷实与清源十盘决胜战。1939年10月，吴清源与木谷实的“镰仓十番棋”开始。到第六局时，吴以五胜一负把木谷实降为“先相先”手合。至1941年，吴最终以六胜四负战胜木谷实七段。
从此，前无古人，后无来者的吴清源十番棋时代开始。
十番棋大胜
1942年年底，吴清源与藤泽库之助十番棋开始。按规定对局为藤泽常先。至1944年，吴清源与藤泽库之助的十番棋结束。吴清源四胜六负，手合不变。
1946年，吴清源与桥本宇太郎的十番棋开始。至1947年，吴清源和桥本宇太郎的十番棋弈至第八局，吴以六胜二败的成绩将桥本降为先相先手合。1948年，吴清源与桥本宇太郎（八段）十番棋结束，吴六胜三负一和。
1948年1月，吴清源与坂田荣男（先相先）三番棋举行，吴三连胜。
1948年7月，吴清源与岩本熏本因坊的十番棋开始，至11月吴以五胜一负将岩本降为先相先手合。至1949年，
吴清源与岩本熏十番棋结束。吴清源七胜二败一和。
1950年，吴清源与桥本宇太郎本因坊的第二次十番棋开始。1951年8月吴清源与桥本宇太郎本因坊十番棋结束，成绩五胜三负二和。
1951年，吴清源与藤泽库之助的第一次十番棋开始。至1952年，吴清源在十番棋中以七胜二负一和的成绩击败藤泽库之助九段。
1953年，吴清源与藤泽库之助的第二次十番棋开始。进行到第六局，吴五胜一败将藤泽降为定先手合。
1954年，吴清源与坂田荣男的十番棋开始。吴六胜二败将坂田降为定先手合。
1955年，吴清源与高川格的十番棋开始。至1956年，吴清源在十番棋前八局中六胜二负，将高川格（七段）降为先相先手合。最终吴六胜四负。
1958年，吴清源在第一期日本最强者决定战（名人战前身，读卖新闻主办）中，以八胜二负的成绩夺冠。
1960年，吴清源在第三期日本最强者决定战中，和坂田荣男并列冠军。
1961年，吴清源遭遇车祸住院。从此棋力大受影响。
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