日本明治维新后，社会安定，于是弈风又渐渐兴盛起来。此时本因坊家已经一家独大占有棋所多年，而内部纷争也时有发生。此时的棋坛仍是门户之见，各家都闭门造车，绝不把研究成果说与其他门派。1878年，中川龟三郎等人请出在本因坊家不得志的秀甫，成立了方圆社，当朝显贵名流，维新之大小功臣，以及棋界人士约一百多人，都成为方圆社的后援者。
方圆社之创立，确实是日本棋坛划时代的举动，对重振弈风起了决定性的作用。过去棋院四家只知闭门弈棋，从不管社会之事，而且彼此之间貌和神离，互相拆台。如今方圆社在秀甫、龟三郎、铁次郎等人领导下，广招人才，弘扬棋道，干得轰轰烈烈。加上秀甫高瞻远瞩，不计成本发行《围棋新报》，果然影响极大。方圆社的成立，让日本围棋逐渐打破门户之见，教学传承开始接近现代。
方圆社和后来的敲玉会，与本因坊家为代表的旧势力，不管在私人恩怨还是围棋传承理念上都矛盾重重，就在此时，吴清源的师傅濑越宪作出场了。
从小由祖父启蒙没拜过师傅的濑越宪作，从广岛来到东京，本打算加入本因坊门下，在小试身手后被方圆社的伊藤视为可造之材，于是将秀哉的种种劣迹数落一番。濑越为人甚重礼义，一听秀哉如此不仁不义，心中大怒，于是转投方圆社，同时更把“打倒本因坊秀哉”当作了今后的奋斗目标。
东京棋坛明争暗斗的时期，关西棋坛却太太平平，自然培养出不少人才来，久保松胜喜代便是其中的佼佼者。久保松的父亲是大官，去世后他被寄养在叔叔家，不料叔父看不起弈人，不但不答应他投身本因坊，反而从此不许他摸棋。十四岁时，久保松以优异成绩就读于北野中学，此时关西弈风渐盛，叔父对他的管理也放松了，久保松便重操“旧业”，最终弃学成为职业棋手。
久保松最大的成就，大概不是成为五段高手，而是发现了三位优秀人才：木谷实、桥本宇太郎、前田陈尔，最早都是出自他的门下。但他自觉以自己的棋力难以造就大器，而濑越宪作在得知久保松有三个好苗子后，动了收徒之念。不久，久保松便把濑越宪作看中的桥本宇太郎遣往东京改投濑越宪作门下。而濑越宪作的好友铃木为次郎看得眼热，不客气地给久保松去信，请求他给一个徒弟。久保松平日也久仰铃木大名，接信后便对弟子前田陈尔和木谷实道：“关西地僻，难有大成。东京现分坊社二派，棋力都是高强的。如今，方圆社铃木五段有心收徒，尔等愿去否？”
前田年龄比木谷实大二岁，平日久闻本因坊秀哉乃当今名人，便乘势要求老师将他送到坊门去。木谷当时仅12岁，并无定见，悉听久保松安排。于是久保松把木谷实送给铃木做徒弟，并把前田推荐给坊门秀哉。
日后，桥本宇太郎作为濑越宪作的大弟子，曾到中国考察师弟吴清源，后来与吴清源大战十番棋败下阵来。在“本因坊”成为日本棋院一个比赛名称后，桥本获得过本因坊头衔，其最大功绩则是创立了关西棋院。木谷实则作为吴清源的一生挚友，与之共同发表了《新布局》，开创现代围棋理论。前田陈尔投身本因坊门，在吴清源与秀哉名人的“天元局”中，为师傅想出了扭转败局的妙手。
秀哉名人隐退后，把“本因坊”捐给了日本棋院，成为一项职业比赛的名称，本因坊门宣告退出历史舞台。而此前林家并入了本因坊家，安井家因无好子嗣可继承也断脉，井上家直到二十世纪中旬才结束，但其实早已名存实亡。日本围棋的传承，从门派私相授予，改为道场、棋院的培养模式。
其中以木谷实开创的木谷道场最为著名，培养出大竹英雄、加藤正夫、石田芳夫、武宫正树、小林光一、赵治勋、小林觉等等著名棋手，2000年门下弟子总段位超过500段。正如日本著名作家江崎诚致所言：“仅仅由于木谷的存在，专业棋士培养方法才会在这一历史转折点展现出最后的华丽。”
现今的日本，每个棋手简介还是能看到“师承XXXX”，这与中韩棋手明显的不同。据孔令文七段介绍，目前日本年轻棋手的主要来源是洪清泉道场、绿星学园等培训机构，也有一些棋手在家小规模的收徒教学。相比中韩开放式的大规模道场，日本在人才培养方面的滞后，也是他们落后于中韩的原因之一吧。
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