12月12日，瑞士尼翁的欧联杯32强抽签，沙尔克抽到的对手是塞萨洛尼基PAOK。
比赛将于2017年2月16和2月23日举行。作为小组头名，沙尔克享有先客后主的权利。首回合比赛于21:05开赛，次回合在盖尔森基兴的比赛于19:00开赛。
欧联抽签一览：
沙尔克04 - 塞萨洛尼基PAOK
门兴格拉德巴赫 - 佛罗伦萨
毕尔巴鄂竞技 - 希腊人竞技
华沙莱吉亚 - 阿贾克斯
安德莱赫特 - 泽尼特
阿斯特拉 - 亨克
曼联 - 圣埃蒂安
比利亚雷亚尔 - 罗马
塞尔塔 - 顿涅茨克矿工
卢多戈雷茨 - 哥本哈根
奥林匹亚科斯 - 奥斯曼利体育
根特 - 托特纳姆热刺
罗斯托夫 - 布拉格斯巴达
克拉斯诺达尔 - 费内巴切
阿尔克马尔 - 里昂
贝尔谢巴工人 - 贝西克塔斯
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