1997年10月9日红塔集团成功收购深圳金鹏足球俱乐部，成立云南红塔足球俱乐部。俱乐部按照《公司法》的规定组建，实行董事会领导下的总经理负责制。红塔集团董事长、总裁字国瑞出任俱乐部董事长，集团监事会主席秦绍高任俱乐部执行董事兼总经理。
1998赛季初云南红塔开始征战甲Ｂ联赛，最初聘请的是在广东足坛赫赫有名的周穗安作为主教练，但球队在开始阶段的成绩并不能令人满意。球队在进行了9轮比赛后，仅取得了2胜3平4负的战绩，球队处于降组边缘，周穗安被迫下课。在这以后，时任俱乐部执行总经理的王宝山接手球队，在执教两轮后又请来了秘鲁教练乌比利，这也是红塔历史上惟一的一位洋教练，但执教三轮比赛仅取得1平2负的成绩，只能提前下课。这时只好由王宝山二度出山，重新执教，最终带领球队保级成功，但仅获第9名的成绩。
1999赛季前国家队主教练戚务生入主红塔担任主教练，王宝山则再次退居幕后任俱乐部副总经理。戚务生的到来使云南红塔的面貌焕然一新，球队以当年甲Ｂ亚军的身份提前升入甲Ａ。
2000赛季 第一次征战甲Ａ虽然战绩不佳，但最后终于保组成功，此后名次更是逐渐攀升。
2002赛季和2003赛季戚务生带领这支年轻的队伍获得了甲Ａ联赛第七名的好成绩，在联赛中间还曾经一度在积分榜上排列首位。但是，红塔投资足球的代价也是很大的，集团每年要投入数千万元资金来搞足球，可是却只见投入看不到成绩，很多人也对红塔是否一定需要每年投资数千万元来搞足球提出了疑问。因为在红塔投身搞足球的六年里，红塔不仅没有取得过一次联赛冠军，甚至没有取得过一次足协杯冠军，2003赛季连进前六的任务都没有完成。
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