日本与约旦这场比赛，最大的争议出现在点球决战的第2轮。当时率先踢点球的日本队三都主将点球踢飞，日本队0比2落后，此刻，日本队队长5号宫本恒靖向主裁判提出交涉，要求把踢点球的位置从北球门改为南球门，理由是北球门的点球点上的草皮不好影响两队球员正常发挥。而当值主裁最终接受了这一请求，换到南球门后，日本队实现了点球决胜的大逆转，而主裁判的判罚则成为了一个争议的焦点。

　　担任本场比赛的主裁判莫哈蒂来自马来西亚，本届亚洲杯赛中国队对巴林队的比赛就是由他主哨。他的这个判罚其实是有根据的。去年3月15日，国际足球理事会在北爱尔兰的贝尔法斯特召开了第117届年会，对《踢点球规则》第一条进行了修改，由过去“主裁判决定哪一个球门作为踢点球的球门”，改为“通过掷币挑边来决定哪一个球门为踢点球的球门，除非两队预先达成一致。”

　　莫哈蒂在踢点球前确实召集了两队的队长，但是只按《踢点球规则》第2条由掷币挑边的赢队决定先踢还是后踢点球。马来西亚主裁判可能也询问过两队队长，但是他们的英语听力可能存在问题，所以踢点球就在北球门进行了。这应该是主裁的一个疏忽。

　　就在马来西亚主裁判犹豫不决之时，愤怒的约旦队助理教练员也跑到莫哈蒂身前大声抗议，认为主裁判已经选定了球门就不应该改变，但是态度不好。莫哈蒂按照规则，把继续吵闹者罚离内场没有错。然后马国主裁判就去询问比赛监督和裁判监督，这两人都同意改球门，于是踢点球从北球门改到了南球门。这样做并没有违反规则，对两队还是公平的。由于此前已经有3人次踢了点球，其中踢点球未进的日本队14号三都主又想重新踢，当然被坚决拒绝，因为那3次踢点球是在莫哈蒂和中国的第二助理裁判员刘铁军的注视管理下按规则进行并得到确认的，结果当然不能更改。