关联关系和同一联赛里的派系问题，最早出现于2001年年末全兴集团转让原四川全兴足球俱乐部。已经拥有了大连实德俱乐部的实德集团接手全兴俱乐部更名为四川大河俱乐部，开创了中国足球的派系年代。2003年12月到2004年1月，当时的健力宝俱乐部董事长张海收购辽足、国际两俱乐部的消息见报——“实德系”之后，“张海系”也建立起来。
在打击关联关系上，中国足协曾经有一次努力。2002年12月在甲级俱乐部总经理联席会议香河会议上，中国足协向各家俱乐部出示了实德大河两家俱乐部之间存在资金人员交叉现象，“实德系”事实上存在的证据，勒令两家俱乐部割断关联关系。但是实德方面采取了阳奉阴违的做法，以冠城俱乐部的名义为大河俱乐部借尸还魂，“实德系”继续存在于末代甲Ａ。
打击“实德系”不力，才又有了跟风而上的“张海系”。媒体认为应该是在足坛进行对抗的两大派系竟然在中超元年串通一气，掀起了“造反浪潮”。经过这场风波，中国足协人士也感到担心：结下了“革命友谊”的“造反派”会不会在今后形成更大的派系左右中超格局？裁判问题“黑哨”不多“嫩哨”不少
1994年职业联赛建立不久，“黑哨”这个称呼就发明出来了。——比赛中自认为吃了裁判瘪的教练、队员、球迷，都会首先把原因归咎于“黑哨”。只是早先因为中国足协命令禁止教练在赛后新闻发布会上评论裁判，大家把火憋在了肚子里。憋了十年，终于在中超元年都发泄了出来。实际上，这时候裁判问题的性质已经发生了改变。
十年甲Ａ的大部分时间里，裁判问题都集中在裁判执法公正与否，还有足球界盛传的“裁判收黑钱”。虽然就此金哨陆俊在2000年不惜和媒体公堂相见，而且打赢了官司，但是裁判群体头上的“黑哨”却越来越黑。到2001年甲Ｂ联赛出现的“五鼠事件”，导致“假球黑哨”问题被高度关注，并且最终导致“还有一点良心”的裁判龚建平入狱，才稍稍平息了各界对裁判的口诛笔伐。但是十年甲Ａ中老裁判的逐渐退役和这次打击“黑哨”的影响，造成了裁判员断代，大量年轻裁判被委以重任——当中超元年各种裁判引起的争议闹到中国足协的时候，足协人士承认，2004年中超元年的裁判整体水平和1994年职业甲Ａ元年的裁判整体水平差了整整一个档次。
中超联赛中裁判问题主要表现在执法水平和能力上，但是在被参赛俱乐部的经理、教练、队员套上“赌球”背景后，裁判再次成为众矢之的。
很多人都认识到了，十年职业甲Ａ最大的失误是没有培养出一批有能力和特长的球员，荒废了青少年培养，但是就裁判问题来说，裁判水平每况愈下也是十年甲Ａ的重大失误。虽然“造反派”为职业联赛画出了一个“中国足球职业俱乐部联盟有限公司”的大饼，提出了裁判职业化的方案，但是当前中国足球裁判整体水平低下的现状不是画饼充饥就能够解决的。足协式微黑锅全背了面子全没了
10月19日晚，阎世铎到实德大厦亲赴“鸿门宴”，次日被媒体称为中国足协颜面尽失。但是足协工作人员不以为然：“中国足协面子早没了，也不在乎这一下。”职业改革以来，中国足协的权威江河日下。
职业甲Ａ开始后，因为地域性，联赛各赛区球市火爆起来，但是地域化舆论则通常把联赛中出现的很多问题都归咎于中国足协：球员工资飞速攀升，假球黑哨，国家队、国奥队历次大赛的失败……凡是中国足球的阴暗面，无一不被加在中国足协头上。经过十年甲Ａ，如果说还要把中国足协当成一个行政性质的机构的话，这也是全中国最透明的一个机构了。
而就足球行业内部，中国足协的地位也失去了权威。职业化过程中，足球从业者的活动大多是和俱乐部以及投资者发生联系，和足协系统的联系已经大大少于专业体制时代。再加上地域倾向，足球圈内人士对中国足协的离心力也非常强烈。这种倾向，在俱乐部管理者群体里表现最为突出。这种形势下，通过强调大局观之类的教育论调，已经无济于事，但是中国足协又没有通过利益调整来吸引这些从业者。于是在“造反风暴”中，足球圈出身的不少人倒打一耙，坚决站在了“投资者”阵营里。
实德俱乐部总经理林乐丰和国安俱乐部总经理杨祖武，都是球员出身，但是在职业化过程中，他们的利益基本上都维系在俱乐部背后的企业集团。时间长了，他们也脱离了传统的足球圈，而进入了“投资人”的圈子，所以在“造反运动”中，他们也欣欣然站在了中国足协的对立面。在专业体制时代，这种现象很难发生。——中国足协对于足球圈的控制能力已经不能和当年同日而语了。?假球赌球当年从轻发落如今无从着手
从1999年开始，赌球就开始在媒体上出现。而更早时候，假球问题就已经被提出来了。这两个毒害着甲Ａ的恶瘤，一直就没有得到有效打击，到现在则继续危害中超。
假球早于赌球出现。还在职业甲Ａ初期，保级、夺冠的关键性场次赛前赛后，都不乏“假球”的质疑。但是1999年的“3号隋波”和“渝沈案”则在舆论上把假球推向了高潮，两年后的“甲Ｂ五鼠”则更是到了登峰造极的地步。这些顶着“假球”帽子的案例里，中国足协判决“3号隋波”无罪，从轻发落了重庆寰岛和沈阳海狮两俱乐部，严打了“假Ｂ五鼠”，但是并没有彻底解决假球问题。而且到了甲Ａ末期，假球和关联球一起出现的时候，联赛格局更加混乱，一直持续到中超元年。
赌球受到媒体关注，是从1999年下半年开始的。但是此后的相当时间里，赌球问题大多还是在参赛教练、球员之外，但是到了本世纪，赌球问题深入到参赛球队内部。在职业甲Ａ最后几年联赛中，因为涉赌的原因，各家俱乐部都清除过“内鬼”，但是没有一家俱乐部提出了明确证据进攻公开处理。虽然今年社会上的赌球案件也有公开侦破并处理的，但是没有涉及到现役的足球从业者。中国足球肌体内部的赌球问题从来没有彻底解决过。投鼠忌器足协无奈投资人
虽然被“投资人”们的“造反运动”冲击得极为被动，但是中国足协却不能对“造反派”下重手，担心如果对付“造反派”的手段过于激烈，会影响现有和将来向中国足球投资的人士的积极性。
在中国足协看来，局势无论如何变化，都希望和投资足球的企业以及投资人做到好聚好散。特别是在这两年，中国足球整体环境不好的时候，企业进出足球界，中国足协都希望能够给现在继续留在足球界和后来的投资者创造比较好的小环境。因此，虽然在内部会议里，无论阎世铎还是其他人士，都曾经对俱乐部方面说过诸如“大家扪心自问，自己有没有给裁判送过钱、打过假球”之类过激语言，但是在公开场合则一般不怎么太指责俱乐部。而这次“造反运动”兴起后，中国足协也继续坚持息事宁人的方针处理，甚至有时候显得过于软弱。
“影响了对足球投资的积极性，或者为了原则不惜中断第一年中超联赛，甚至按照有些建议，彻底清查这些‘造反派’的老底弄出一两个典型，以干扰联赛秩序，剥夺某些俱乐部的参赛资格，做起来简单。”中国足协认为首要考虑的必须是中国足球的整体利益。“但是让这些老板血本无归的话，中国足协的那口气可能是出了，但是最终受害的还是中国足球的整体利益。如果搞成这种局面，还有谁敢来足球投资？谁还敢留在足球圈里？——足球里这些问题并不是足球产业或者足球这个项目才有的，很多都是社会问题，只是集中在足球上，但是靠一种极端的和简单的办法是不能解决问题的，甚至可能对足球造成损害。”因此，即使“造反风潮”到了最高潮的时候，中国足协还是坚持联赛正常进行，而对“造反派”没有进行太大动作。作者：秦云
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