燕京啤酒2016中国足协杯赛共有64支球队参加，分别从中超、中甲、中乙、业余四个类别中产生。
其中中超联赛球队16支、中甲联赛球队16支，共32支球队自动获得2016中国足协杯赛参赛资格。
2016年中乙联赛参赛俱乐部队和已经获得2016中国足协杯赛参赛资格的业余俱乐部队共32支队伍。其中2015年中乙联赛参赛队伍16支（升入2016年中甲联赛的球队由2015年中甲联赛降级的球队替代），2015年全国业余联赛总决赛前八名队伍8支，2016年足协杯资格赛前八名队伍8支。
如上述参赛球队数量不足，则优先从2016年中乙联赛球队中递补，其次按成绩排名从2016年足协杯资格赛球队中递补。
中国足协杯资格赛是中国足协组织的，由各地方足协的杯赛冠军参加的一项全国性赛事，每年举行一次，获赛事前8名的球队获得下一年度中国足协杯参赛资格。
附：燕京啤酒2016中国足协杯64支参赛球队
一、 中超球队（16）
广州恒大淘宝、上海上港、山东鲁能泰山、北京国安、河南建业、上海绿地申花、石家庄永昌、重庆力帆、江苏苏宁、长春亚泰、杭州绿城、辽宁宏运、天津泰达、广州富力、延边富德、河北华夏幸福
二、 中甲球队（16）
北京人和、上海申鑫、大连一方、北控燕京、浙江毅腾、内蒙古中优、青岛中能、新疆天山雪豹、天津权健、武汉卓尔、青岛黄海、深圳宇恒、贵州恒丰智诚、湖南湘涛、梅州客家、大连超越
三、 中乙球队（16）
北京理工、江西联盛、南京钱宝、河北精英、京铁火车头、保定英利易通、包头南郊、银川贺兰山、沈阳东进、四川隆发、梅县客家、丽江嘉云昊、安徽力天、普洱万豪、广西龙桂达、福建喜攀登超越
四、 业余联赛球队（8）
苏州东吴、海南海汉、深圳人人、沈阳城市、大连龙卷风、山西龙城至盛、武汉宏兴、柳州远道
五、 资格赛晋级球队（8）
苏州中元、南京金基地产、宁波大榭银博、广州昊昕、肇庆恒泰、大连晟威、青岛鲲鹏、上海嘉定城发
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