随着前中国足协副主席于洪臣调离中国足协前往田管中心担任党委书记和主任之后，中国足协高层内部进行了重新分工，国务院足球改革发展部际联席会议办公室常务副主任、中国足协副主席李毓毅接替于洪臣分管职业联赛执行局、中超公司，同时还主管竞赛部、青少部和中国足协青少年委员会。李毓毅也成为目前中国足协内部分量最重的一名业务领导 。
2015年12月，在昆明召开的会员协会大会上，李毓毅被增补为中国足协副主席。李毓毅曾任上海市体育局局长、金山区委书记等重要岗位，综合能力强。由于主政上海体育多年，他对足球有着深入的了解和研究，有着独到的见解和思路。
在出任中国足协副主席之后，李毓毅首先担任中国足协青少年技术委员会主任。在前中国足协党委书记魏吉祥退休之后，李毓毅接替魏吉祥主管青少部的工作。在他主管青少年工作的一年半时间里，中国青少年足球的发展驶入快车道。
中国足协于2017年正式推出了区域性主客场青少年联赛（青超联赛），围绕青少年足球的发展制定了“165行动计划”，并得到了中央改革办的肯定。根据多年积累的经验，李毓毅提出了提前组建2024年奥运会选拔队的计划，并且从2016年开始组建训练营。2017年5月15日，沈祥福正式启动2024计划，组建2支到4支队伍的设想得到落实。
作为曾经的省市体育局的局长，李毓毅对监督和监管职业足球俱乐部也有自己的经验。现在是中国足协治理整顿职业联赛的关键时候，由李毓毅主管中国职业联赛执行局和中超公司正是特殊时期的必要手段。
今天，中国足协在官方网站发布《关于加强2017赛季中超联赛相关管理工作的通知》。足协在通知中称个别俱乐部管理要求不严，出现多起严重违纪违规行为，在国内外造成不良影响。
中国足协明令要求各俱乐部必须维护联赛健康环境，加强内部管理，尊重裁判树立规则意识，杜绝暴力行为，不发表不负责任言论，提高运动员训练比赛质量，杜绝故意拖延时间，严格赛前安保检查，俱乐部不得介入裁判接待工作，做好媒体组织工作，不得损害联赛赞助商利益。这一系列的措施出台，与李毓毅的直接推动有关。
另外，目前正值中超公司谈判中超版权的重要时刻，李毓毅将在这方面发挥自己的特长。
)