申思是个听话的球员，从性格上看，不容易和教练产生矛盾。但由于在早期的申花一直郁郁不得志，因此，内敛的申思和固执的徐根宝之间的矛盾纠葛便注定一发不可收拾。

　　对于申思和徐根宝的矛盾冲突，最有代表性的一种传言是，在队内的训练中，徐根宝特地叫其他队员狠狠地往申思脚上铲，据说，徐根宝还说过一句“把他给铲废了”。虽然只是传言，而且当事双方都没有承认，但这至少可以反映出师徒二人的矛盾。另一种说法是，徐根宝十分迷信，而申思的名字用上海话的发音是“申输”，也就是“申花输球”的意思，所以，徐根宝就坚决不用申思，最多让他替补上场。不过，后来徐根宝澄清了这种说法，说他根本没有这样的想法。

　　在徐根宝接手申花队之后，坚决让申思打替补。因此，那时的申花队，最郁闷的便是申思。“超级替补”也成了郁闷申思的“代名词”。申思后来也表示，那几年给自己带来的创伤几乎是“难以愈合”的。

　　旧痛无法抚平，因此，在去年申花队和中远队的第一场德比战中，一向低调的申思一反常态，赛后情绪异常激动，甚至破口大骂徐根宝，还向他倒竖了拇指。德比战后，两人都在不同场合表示，过去的事就让他过去吧。