在先后执教了辽宁、沈阳两支甲级队后，李应发开始了跨地域执教生涯。1998年他到青岛海牛队执教一年；1999年年初又转战大西南出任当时甲B球队重庆红岩队的主教练，5轮之后李应发称病辞职；半个月后接替徐根宝执教处于低谷中的大连万达队；就在李应发把低谷中的万达队艰难地带进足协杯决赛时，科萨诺维奇抢走了他亲自率队为大连夺一个冠军的机会，他的身份也从一线队的主教练变成梯队的总教练；2000年沉寂一年后，不甘寂寞的李应发在2001年与弟子傅玉斌、李争一起以鞍山为基地重组辽宁青年队，但是带队在昆明完成艰难的准备期后，又因为资金的问题黯然退出；两个月后，李应发成为辽宁青年队的对手青岛海利丰队的主教练，但是在当年上海的乙级联赛决赛中晋级甲B的恰恰是李应发中途放手的辽宁青年队；2002年李应发接手刚刚组建的哈尔滨兰格队，当年就率领球队以乙级联赛冠军的身份冲上甲B；从兰格队离职后，李应发重返辽宁省体育局主抓青少年工作。在游说下再出江湖，开始第九支球队的执教工作。