在很多人眼里，吴清源是神一样的存在。不仅因为他震烁古今的战绩和技术贡献，还有他的求道精神和行事作风甚至他的高寿。在吴清源身上，确实有很多“神迹”，但他同时也是个重感情的平凡人。
吴清源先后多次出战事关荣辱的番棋大战，绝少败绩，为主办比赛的读卖新闻社赚了不少钱，自己也所获颇丰。然而先生不理财，不追求物质生活，百年来一直过着清淡生活。
田壮壮这样描述第一次去吴清源家里所见：
“他们家摆设简朴，家具大概都用了四十多年了，他下棋累了就躺在旧沙发上休息，生病了要住十几个人的大病房，穿衣服也不讲究，领子都破了，被日本人称为‘神’的这么一个人，平凡到你都觉得意外。”
有一次田壮壮和他的编剧阿城、吴清源助理牛力力在酒吧里喝酒，有个六十多岁的老头问他们，你们中国人来日本干嘛？牛力力说见吴清源。没想到那老头噔地就站起来了，给牛力力鞠了3个躬，连说：“吴清源是个神。”
日本共同社今天也赞吴清源是“围棋之神”。中国围棋协会主席王汝南、聂卫平九段、总教练俞斌、世界冠军时越，无不把吴清源当做围棋巨匠推崇。不管什么年龄段的棋迷，多数都把他视为古今第一高手。彪炳的战绩，众多的创新，传奇的一生，至死的追求，吴清源在精神层面令人折服，被尊为棋神毫不为过。然而他也是一位感情丰富的“棋神”。
在吴清源的自传里，处处流露出对世界和平的向往、对亲情友情的珍惜和留恋，还有对爱妻的依赖，而且他一直有坚定的信仰。
祈望世界和平
……随后立即爆发了侵华战争————那可真是一个黑暗的时代。对于经历了那样年代的我来说，十分希望21世纪能是一个相互友好、共存共荣的时代。只要一息尚存，我愿为加深各国之间的友好关系而走遍全世界。
……我是1928年，中日关系正在一步一步走向恶化的时期来到日本的。遗憾的是，战争还是爆发了，很多人因此受了很大的痛苦。可以说20世纪是战争的世纪。人们相互高举正义的旗帜，不断地发动战争。如果21世纪还是持续那样的想法，那么又将是一个战争的世纪。我想说的是不要有竞争的想法，应该抱有共存的思想。
亲情：
……6月，我在中国旅行的最后一站是北京。我终于可以和日夜思念的二哥见面了。……1928年我去日本的时候，母亲和大哥也一起到了日本。二哥独自留在中国，在天津的南开大学读书。他很早就加入了中国共产党，一直与国民党进行斗争，参加了著名的两万五千里长征。他真是很能走路呀。抗日战争时期二哥作为一名军官参加了抗战。抗战结束后，又发生了内战，二哥被国民党逮捕，带着脚镣在监狱里关了半年。中华人民共和国于1949年成立之后，二哥回到母校南开大学教文学。文化大革命的时候，二哥好像也受了不少罪。二哥还是一位诗人。
……对我来说，没有比和母亲的分别更令人不安的事情了……
……当时的仙石原还是一个不太方便的地方，母亲已经65岁的高龄了，我担心她会突然生病。而且，正好那时妻子也怀孕了。这是我们夫妇的第一个孩子。考虑到母亲以及将要出生的孩子，我决定搬家。
……那时是1955年，我41岁的时候。第二年的1月，长子信树出生了。1958年我们又有了女儿佳澄，1962年我们的小儿子昌树也出生了，我的家一下子变得十分热闹。
……大哥最后是在美国去世的。我和大哥的孩子们一直有圣诞贺卡的来往
乡情：
"我陪他回故居，他特意拉住我，指着说‘这是我读书的地方，这是我养马的地方’，接着就讲他过去的经历，最后坐在大门口的石鼓上，跟我说话、聊天。坐了好长时间，我说吴老师走吧，他说：‘让我再坐会儿行吗？’他说话的时候特别平静。"--田壮壮
友情：
濑越宪作先生是自杀。那天早晨接到电话后，我马上和妻子一起赶去了西荻洼(东京杉并区)的老师家，到了那里，警察已经来了。在他的遗书中有这样的话："因为不能下棋了。"
木谷实先生是1975年66岁的时候去世的。他和我关系亲密，长期以来一直有着特殊的交往。在他住院的时候我还去看过他。因为听说是病危了，所以赶紧赶过去。……
"我一直觉得吴老师是个没有情感的人。因为成大器的人，小情感上的事特别少。吴老师回日本坐轮椅上飞机的时候，我把他推到廊桥，然后把他交给一位空姐。那时候我特别矛盾，不知道是不是能找到钱。老头来北京这么长时间，这么辛苦，我心里特难过。我趴在栏杆上说：‘吴老师您保重。’吴老师看我那一刹那眼睛是湿的，他说：‘你别急。’我就觉得老头其实也挺有感情的。后来吴老师送我一个棋盘，上面写着‘时间’的‘时’，吴老师说：‘一切都是缘，时间不到做不了。’"--田壮壮
宗教信仰：
1935年，吴清源加入了红会（当时中国的一个宗教），为此他专门从日本回到天津，进行了百日严格的修行。日本方面对吴清源的迟迟不归十分担心，老师濑越宪作还发来了“速归”的电报。为此，吴清源只能缩短我的修行，在那一年的12月回到了日本。在自传里，吴清源写道：“我21岁加入红会，到87岁的今天，我依然信奉着红会的教导。”
……我不仅仅执著于围棋，我对信仰的追求也充满热情——可以说信仰方面对我更为重要。
……从战争中到战争后的4年里，一直是跟玺光尊（日本一宗教教主）在一起共同行动。
……当时我还是身在新兴宗教"玺宇教"里，所以对局费我是拿不到的，全都被教祖玺光尊拿去了。
……那时我和妻子都已经决定要离开玺光尊了——彻底告别玺光尊。如今想起来，那4年就算是一种修行吧。
吴清源曾为完不成宗教任务而想到自杀，而他说那是自己平生唯一一次想要自杀。1961年他遭遇车祸，后遗症让他战绩大减，当时也是为了去完成教会任务。
关注祖国后辈：
……我前面也说过，京剧名角梅兰芳就曾推荐两位天才少年来日本留学，但因为长崎发生了焚烧中国国旗的事件，留学事宜最终告吹。那两名天才少年就是陈祖德和陈锡明。
……后来又提起过聂卫平和吴淞生等来日本留学的事情。我已经计划好了让他们住在我家里，然后每天去棋院学棋，为此我还去找了曾经和我签过专属协议的《读卖新闻》社，请他们提供经济支援。留学的事情都谈得差不多了，但最后还是没能来成。日本棋院只肯给聂卫平五段的资格，这也是中国方面的不满之一。
婚姻：
吴清源1942年与夫人和子结婚，2012年和子夫人去世，两人相濡以沫了70年，共同经历了恐吓信、大轰炸等等。从这70年的执子之手共经风雨婚姻，也可感觉到吴清源既平凡又伟大的一面。
因为日本侵华战争的爆发，许多在日本的中国人都纷纷回国去了，吴清源的母亲和妹妹们回国也只是个时间问题。但吴清源一个人生活难免有所不便，所以他就拜托喜多文子老师为自己介绍结婚对象。老师濑越宪作也给他介绍了许多的结婚对象。但因为吴清源是中国的一个宗教团体“红会”的信徒，所以就想找一个能够理解红会的结婚对象。
对于自己的婚姻，吴清源在自传中这样记述：
那时，我经常参加在日本的“红会”的后援活动。后来，那个后援会也解散了，就把“红会”的本尊“至圣先天老祖”搬到了新兴宗教“篁道大教”本部旁边的屋里供奉了起来。
篁道大教的教主名叫峰村教平，他和喜多老师也认识。所以，峰村先生就把他的一个远亲作为结婚对象介绍给我。
她是住在东京中野的中原健一先生的长女，名叫和子。那时和子正在读东京女子高等师范(现在的御茶水女子大学)。当时学校的规定中有一条是“女学生必须是未婚”，所以和子就中途退学和我结了婚。
结婚仪式是1942年2月在明治纪念馆里举行的。当时日本的粮食也很成问题，但因为峰村先生的亲戚是礼堂的神主，所以结婚宴席还算像样。介绍人是喜多老师夫妇和萱野长知先生夫妇。萱野先生以曾经支援过孙中山的革命活动而广为人知。结婚时我28岁，和子是20岁。
田壮壮说，"我特别佩服师母。她和吴老师的相识和相爱是不可思议的一件事。当时吴清源是日本3大美男子之一，酒吧里女人唱那种相思的歌里都有吴清源的名字。但他对介绍女友给他的日本著名女围棋手喜多文子说：‘只要找到跟我信仰相同的就行。’后来喜多文子给他介绍了中原和子。见面时他问和子：‘你信教吗？’她说：‘信。’然后两人就结婚了，这么多年相濡以沫。"
在电影《吴清源》里有个细节，吃饭时和子给吴清源盛饭递碗，田壮壮在画面呈现时使用了放大和特写。"围棋界所有的人都说，最伟大的就是师母。为什么呢？说你伺候人容易，伺候‘神’太难了。吴老师生活里是一个不问人间一点事情的人，师母对我说，给他吃一年面条，他不会问为什么老吃面条。一件衣服，你一个月不给他换，他也不问‘你为什么不给我换衣服’。他脑袋里就只有围棋。"
"但是我仔细观察过吴老师，当他说完围棋时，总是直勾勾地看着师母，等着她告诉自己该做什么；他对师母有一种依赖，眷恋，很特殊的一种情感，她是像姐姐或母亲一样。所以，我在拍电影时设计了很强的一条线是写他们俩的情感。"--田壮壮
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