1998年，肇俊哲就入选了国奥队，2002年2月，肇俊哲在贺岁杯中国队迎战斯洛文尼亚一役中首发，担任左前卫；4月26日，在与韩国队的热身赛中首发，担任左前卫；6月8日，在世界杯第二比赛日迎战巴西的比赛中，肇俊哲首发登场，担任前腰，第61分钟，肇俊哲接到马明宇传球，一个变线甩开卢西奥，一脚抽射中柱弹出，这是世界杯上中国队最接近进球的一次射门，而此次射门，正是由肇俊哲贡献。
2003年，肇俊哲是国脚主力，他在中国队与李铁组成双后腰，此后，他在国家队基本上都踢这个位置，并且成为中国队的定位球主罚手之一，他的定位球特点是有弧线外加力量大，象他的奔跑一样朴实。
2004年7月17日，中国队在亚洲杯首战上迎战巴林，身披15号球衣的肇俊哲戴上队长袖标，这是他第一次在杯赛及世预赛级别的比赛担任中国队队长，他在亚洲杯六场比赛中打满全场，在与伊朗一役中担任点球手但未进，在2004年10月13日，他见证了中国队0-1负于科威特，告别了2006年世预赛。
2005年6月22日，肇俊哲在与哥斯达黎加的友谊赛中出场，但随即，他被国家队主帅朱广沪打入冷宫，朱广沪开始尝试赵旭日与李彦的后腰组合，并把李彦推成主力；肇俊哲错过了东亚四强赛和东亚运动会，崔鹏、朱海滨这批八零后甚至是八四后的球员开始登上主力位置，也就是从朱广沪时代开始，肇俊哲开始失去他在中国国家队的主力位置，乃至位置。
2007年亚洲杯最终名单上，朱广沪放弃了肇俊哲，2008年，中国足协搞出了杜伊与福拉多的双教练制，4月17日，福拉多率领中国边缘国脚组成一支所谓国家三队，参加了一场与墨西哥的友谊赛。
这支中国队中，就包括了四年前的国家队长肇俊哲，肇俊哲此役担任边前卫，踢了80分钟被杨林换下，中国队以0-1负墨西哥。就在比赛地的西雅图，在最后一次代表国家队出战的两天后，肇俊哲过完自己的29岁生日。此后，他与国家队彻底绝缘。
作为一名70后球员，肇俊哲在29岁时就告别了自己的国脚生涯，对于他来说当然是一个遗憾。事实证明，随后的防守型后腰选手几乎全部都是按照肇俊哲的模式设定的，包括黄博文与杨昊，即善于拼命，不惜体力。但肇俊哲为何在29岁时就离开国家队，更多不为人知的故事只能埋在中国足球的历史中。
肇俊哲是中国足坛最后的70后旗手球员。在辽宁与苏宁的赛前，还有降级之忧的辽宁球迷将所有的掌声和旗帜都送给了这位史上最伟大的70后旗手，因为他忠诚、律己，永不放弃和坚守信念。
这位生于七十年代尾巴的旗手球员，经历了亚运会，世界杯，在本土亚洲杯上戴上国家队队长袖标，为国家队效力的场次达到73场。如果不是蔚少辉从2008年开始把持中国国家队的入选资格，肇俊哲也许会有更多的为国出场时间，他超越78场的孙继海可能并不难。但他的出场时间最终被锁定在73场，即使这样，也无损他的旗手价值。
2015年底，肇俊哲曾开玩笑表示自己仍有资格入选国家队，但连他自己都知道，他的使命只能维持在俱乐部中，国家队已与他彻底无缘。（钱琨）
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